Die Klausdorfer Tongruben gehören nicht zu ursprünglich natürlichen Lebensräumen (Habitate). Sie sind vom Menschen geschaffene, typische Sekundärhabitate. Nachdem der Tonabbau aufgegeben wurde, sind die offenen Bereiche der ehemaligen Tongruben wieder von Pflanzen besiedelt worden. Mittlerer Weile ist das gesamte Gebiet naturschutzrelevant und umfasst neben Rohbodenstandorten ein Mosaik von zahlreichen Biotopen wie junge Wälder in feuchten und trockenen Bereichen, Röhrichte, Grubengewässer und Sandtrockenrasen.
An trockenen Standorten bestimmen Kiefern (Pinus sylvestris), zum Teil auch als Flechten-Kiefernwälder sowie Birken (Betula pendula) und Robinien (Robinia pseudoacacia) das Bild. An feuchten Standorten finden sich vorwiegend Schwarzerlen (Alnus glutinosa) und Eschen (Fraxinus exelsior).
Trockene exponierte Hangbereiche, zum Teil auch offene Sandstandorte, weisen ausgeprägte Silbergrasfluren und Sandtrockenrasen mit ihren charakteristischen, zum Teil bestandsbedrohten Pflanzen- und Tierarten und deren Lebensgemeinschaften auf. Eine Besonderheit ist das hier vorkommende Ziz-Habichtskraut (Hieracium zizianum). Es zählt zu den stark gefährdeten Arten in Brandenburg.
In den Tagebau-Restlöchern der ehemaligen Tongruben haben sich Still- und Kleingewässer entwickelt. In ihnen haben sich Schwimmblatt- und Röhrichtgesellschaften ausgebildet, die von naturnahen Gehölzsäumen begleitet werden. Die Grubengewässer weisen eine reiche Wasser- und Verlandungsvegetation auf. Dort finden sich z. B. der Gemeine Wasserschlauch (Utricularia vulgaris), die kleine Wasserlinse (Lemna minor) und das Ährige Tausendblatt (Myriophyllum spicatum).
In den Hanglagen der ehemaligen Tongruben kommt es immer wieder zu Hangabbrüchen und Rutschungen. Das abgebrochene bzw. abgerutschte Bodenmaterial bildet vegetationsfreie Halden aus, auf denen Pionierpflanzen (Erstbesiedler) den Anfang einer neuen Vegetationsentwicklung bilden. Zu den Pionierpflanzen zählen z.B. Gräser, Moose und später auch Birken, Pappeln und Robinien.
Das in den Klausdorfer Tongruben recht häufig vorkommende Große Zweiblatt (Listera ovata), eine Orchidee, bevorzugt frische Laubwälder bzw. Wiesenbereiche. Die Blüte dieser Pflanze kann man von Mai bis Juni beobachten.
An wenigen konkurrenzarmen Standorten findet sich auch das Kleine Wintergrün (Pyrola minor). Die zierliche Pflanze besitzt rosettenartig angeordnete, rundlich ovale Blätter, die auch im Winter grün bleiben - daher der Name Wintergrün.
Eines der größten Vorkommen der Orchideenart Sumpf-Sitter (Epipactis palustris) im Landkreis Teltow-Fläming befand sich bis vor einigen Jahren in den Klausdorfer Tongruben. Eine weitere Orchidee, die Breitblättrige Sitter (Epipactis helleborine), wächst an Waldrändern und Lichtungen.